En 1826, por disposición del presidente de la Gran Colombia Francisco de Paula Santander, se produjo una gran reforma en las instituciones educativas. Se creó la Universidad Central, institución que agrupaba a los colegios y universidades que impartieran cátedras a lo largo de la geografía nacional, la única autorizada por el Estado para conferir títulos académicos. El Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario quedó comprendido en la medida tomada por el Estado para tener mayor control en la educación de la joven República.

Comunicado de 17 de junio de 1837 de la Dirección General de Estudios al rector del Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario sobre la normatividad para el desarrollo de los exámenes públicos de las universidades y Colegios que se encontraban agrupados en la Universidad Central (Caja 29, folio 297).

Recorriendo los documentos del Archivo Histórico, notamos que el Estado comenzó a intervenir con más fuerza en distintos ámbitos del Colegio Mayor del Rosario, así como en otras instituciones. El Colegio, no obstante, tuvo un funcionamiento regular y con bastante autonomía.

Comunicado del Gobierno al rector del Colegio Mayor del Rosario sobre el deber de informar a las autoridades provinciales del estado de las rentas de los colegios y universidades (Caja 24, folio 227).

La Universidad Central fue semilla de grandes cambios en la educación nacional, permitiendo una mayor difusión de los conocimientos foráneos y una mayor variedad de las materias impartidas en las aulas. La enseñanza de las lenguas, las ciencias de la naturaleza y otras relacionadas con la sociedad, como la economía y la política, encontraron su espacio en las universidades y colegios gracias a las reformas estatales. La Universidad Central fue la raíz de la Universidad Nacional de Colombia, que hoy celebra 150 años de existencia, y un hito en la historia de la educación en el país.

Comunicación de 23 de julio de 1835. La Dirección General de Estudios al rector del Colegio Mayor del Rosario sobre los cambios en las cátedras, según la Ley de 29 de mayo de 1835, que reformaba el Plan General de Educación en el país (Caja 27, folio 81).