Los estudios evolutivos y taxonómicos en complejos de especies arbóreas enfrentan desafíos para ser abordados con métodos moleculares convencionales, lo que limita el avance en la comprensión de las dinámicas evolutivas. La escasez de muestras y la dificultad para obtener secuencias moleculares que permitan establecer estos procesos han sido obstáculos persistentes. No obstante, el uso de RAD-seq ha permitido avances significativos en Supraocotea (Lauraceae), un clado con 17 géneros taxonómicos y una evolución compleja en sus sistemas reproductivos y en sus convergencias morfológicas. Asimismo, esta técnica ha contribuido al estudio de la hibridación en especies andinas de Weinmannia, revelando un alto flujo genético que aún mantiene la identidad morfológica de estas especies.

La investigación del Dr. Penagos se centra en las interacciones ecológicas y evolutivas que mantienen la diversidad de plantas tropicales, y basándome en la intersección entre ecología, evolución y sistemática. Así, abordando el estudio de complejos taxonómicos, ha contribuido en la comprensión de la diversificación de linajes a través de la especiación y la hibridación, así como en la evolución de rasgos funcionales.