El conjunto del claustro y la capilla del Colegio se cuentan entre las edificaciones más antiguas del centro histórico de Bogotá. Fue uno de los primeros centros de enseñanza superior de la ciudad, vocación que ha mantenido desde la fundación. El edificio consta de dos plantas alrededor de un claustro, dotado de arquerías de medio punto, en el piso bajo, y de pórticos adintelados, en el piso alto. La capilla, aunque forma parte del conjunto, sobresale un poco. El aspecto general es neocolonial, con toques de eclecticismo debido a las restauraciones.

Eventos, huellas del tiempo

El terremoto de 1785, el más destructivo del siglo XVIII, generó daños en la torre de la capilla, el arco de la escalera y la casa rectoral, lo que provocó trabajos de reconstrucción bajo el segundo rectorado de Agustín Manuel de Alarcón y Castro. Posteriormente, los procesos sísmicos entre 1826 y 1827 dañaron los tejados, los pisos bajos y altos, la escalera principal y la casa rectoral, derribando finalmente la torre de la capilla. Por segunda vez, en 1836, cae la torre de la Iglesia. Durante el siglo XIX, el edificio es expropiado en 1860 por el Gobierno para usarlo como cárcel pública; luego, entre 1899 y 1902, por la Guerra de los Mil Días, el Colegio es afectado debido a la ocupación de las tropas.

Iniciando el siglo XX, el rector Rafael María Carrasquilla, considerado el segundo fundador del Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario, promueve la ampliación de las instalaciones (el llamado claustro nuevo) y la erección de una estatua al Fundador, elemento de identidad del edificio y de la comunidad.

Nuevamente, para 1917 un terremoto casi destruye la sede del Colegio. Los trabajos de reconstrucción se encargaron al ingeniero Arturo Jaramillo Concha. En 1953, la Consiliatura escoge al maestro Luis Alberto Acuña para emprender trabajos de restauración del Claustro, en su tercer centenario.